Pada tahun 1870, Clerc berkahwin dengan anak perempuan seorang paderi, Nataliya Nikolajewna Solotova, dan dikurniakan empat orang anak. Anak sulungnya, Vladimir belajar di Universiti Geneva dan menjadi ahli biologi. Anak kedua, Modeste menjadi ahli geologi. Anak ketiga, Georgi menjadi ahli zoologi. Anak bongsunya, Kristiana menjadi guru Perancis di Shadrinsk.[1]

Kematian

Clerc meninggal dunia pada 18 Januari 1920 di Yekaterinburg, dan dikebumikan di sana.